по поводу 3: честно говоря, сильно удивился.
я всю свою работу храню даже не в Documents and Settings, а на отдельном логическом разделе. Как раз, чтобы не потерять её при переустановке системы.
и очень не хватает возможности в большинстве приложений указывать "свой" путь для хранения данных (и настроек, и контента): например, thunderbird позволяет указать альтернативнй каталог для писем, а firefox для закладок - нет.